霍格華茲魔法學校的戰役正在蔓延，不過為了整個魔法世界，哈利、妙麗和榮恩仍必須展開另一場戰爭。他們尋找下一個可能是最危險的分靈體，而這使他們來到學校的船屋，並見證到石內卜和佛地魔的關鍵衝突。大衛海曼表示：「 J.K.羅琳的小說最耐人尋味的地方之一就是，人物都介於光明與黑暗、正與邪之間的灰色地帶＋如同我們所有人。比如石內卜的過去比我們想像的更為複雜，我想觀眾會很享受看到他的故事完整揭露。」

艾倫瑞克曼表示：「我們一直心裡有數他有自己的計劃，問題是這個計劃為何？他身在這場持續加劇的混亂中，風險也愈來愈大，最後成為一種救贖和忠誠。以石內卜的例子來說，就是某種信念的勇氣。」在書中，佛地魔和石內卜的重要交峰發生在尖叫屋，不過大衛葉茨取得 J.K.羅琳的同意，在《哈利波特：死神的聖物2》中重新設定這個場景。船屋在李夫斯登片廠的飛機棚內建造，座落在霍格華茲城堡下方的水域邊緣，史都克雷格以都鐸風格的玻璃設計這棟建築物，他表示：「你會一直意識到背景的戰鬥，因為火焰會反射在玻璃和水面上。」

鄧不利多辦公室中的儲思盆水面也反射出一些記憶，使哈利瞭解到自己必須完成的使命。丹尼爾雷德克里夫表示：「在《哈利波特：鳳凰會的密令》中，哈利從預言中得知：『只要那個人活著，其他人都無法倖存。』從那時起，隨著旅程中踏出的每一步 ，他都知道在某一刻會達到緊要關頭，他肯定警覺到這點。」

大衛海曼表示：「哈利知道他和佛地魔之間的命運交織，他面臨重大抉擇，必須挺身而出對抗佛地魔，否則所有人會死，哈利已準備好面對自己的命運。丹尼的表演很出色，在那些場面中傳達出智慧和成熟，遠超過他年紀的稚氣，他確實有顧及哈利每個行動背面的情緒和理由，並在演出時詮釋出真實面向。」大衛葉茨補充道：「我最喜愛的場面之一就是，為了拯救所有人，哈利決心獨自對抗到底，這種堅決存在著美感和強度。」

令人引領而望的就是哈利和佛地魔之間的最後一戰。J.K.羅琳表示：「這個場面使他們回到造就他們當前人格和本質的地方，也就是說一切必須在霍格華茲做出了結。」哈利和佛地魔的戰役在曾經神聖的學校各廳堂上演，大衛葉茨在這場戲中呈現他們史詩般的對決，而不只是兩名巫師拿著魔杖在固定地方對打，這兩個誓不兩立的敵人展開這場致命的殊死戰，唯有一人死去、甚至是兩人同死，才能結束這一切。

大衛葉茨表示：「我們讓他們在各個廳堂之間穿梭，互相投出咒語，不過這場戲也有激烈的肢體動作。在某一刻，他們押住對方的喉嚨從很高的欄杆上掉落，他們扭曲和轉動，令人分不清兩人的特徵。我很熱衷探索這種面向，因為在這一系列的電影中，我們在主題上一直發展他們兩人之間的特殊連結。」史都克雷格及其團隊打造出這個場面，提供一個多層次的戰場，他表示：「我們的原則目標就是在這個戰場中引介另一個元素，提供更有趣的阻礙，因此導演大衛從一開始就參與這些設計的策劃。我們創造出一連串的梯子，使哈利或佛地魔能一人佔優勢、另一人在下方，不過局勢可隨時轉變。」丹尼爾雷德克里夫笑著表示：「這場戲大概是我這輩子爬過最多樓梯的時候，不過效果棒極了。」

在建立《哈利波特》電影系列的世界中，結合實際設計和虛擬設計始終十分關鍵，不過這種合併對於《哈利波特：死神的聖物2》中的霍格華茲戰役特別重要。這是第一次，霍格華茲城堡的外觀鏡頭不是使用實際模型，而是運用電腦繪圖技術。大衛葉茨表示：「一如往常，我們實際建造出一大部分的場景，但同時我們也打造出數位的霍格華茲，這樣能使我們隨心所欲地讓這些動作自由進出在學校各個地點。」

不過哈利和佛地魔不是唯一展開殊死戰的勁敵，他們身邊所有魔法世界的正邪勢力都參與這場浩大的高潮對戰，包括各種大小型怪物，在這些場面中，觀眾能看到許多熟面孔。大衛拜倫表示：「我們非常幸運，因為幾乎全系列電影的所有卡司都想參與最後一集的演出，雖然有些人只會短暫出現，不過這對他們和我們來說都意義非凡。甚至有些在之前電影中過早消逝的人物也以令人驚喜的方式重現，比如蓋瑞歐德曼飾演的天狼星布萊克及邁可坎邦飾演的鄧不利多。」