《巧克力情緣》是一部92分鐘的黏土動畫，正式拍攝花了將近2個月的時間，從編劇、拍攝總策劃花了5年的時間。拍攝過程導演要求精確，短短的2分半鐘動畫就需動用50位工作人員的幫忙。導演兼編劇，同時也身兼設計師的亞當艾略特，親自設計所有活靈活現的角色，也親自手繪些小道具，像是啤酒瓶的標籤、路間標誌牌和許多瑪麗和麥斯之間傳遞的信件。由於片中擁有許多角色和景物，設計工程龐大，團隊運用了各種聚合物、黏土、塑膠和金屬總共製作了212個玩偶。為確保角色可以活靈活現的說話和做出各種出神入化的表情動作，團隊運用溶解過的橡皮泥導入模型裡，製作了886多個橡皮泥手、808個茶包箱、394個瞳孔、147組客製戲服，還有1026多個嘴巴，像麥斯的嘴巴團隊就製作了超過30種不同特色的嘴型。

其實可以很容易的把《巧克力情緣》製作成3D的電腦動畫、2D的動畫電影，或是也能用真實的演員來拍攝這部電影，但是對於導演亞當來說，黏土動畫是「個人的偏好」。每一個在電影中出現的東西都可以實際放在你的手裡。每一個小物件都是由一個超過120人組成的團隊所製作出來的。

「如果是每天坐在電腦前面進行電腦動畫的製作，那我一定會感到非常的挫敗。我喜歡搞髒我的雙手，我喜歡聞到顏料的味道，看見塵土、以及各式各樣觸摸得到、有型體的物質。」亞當導演如是說。亞當導演創作的靈感來自於紐約當代重要紀實攝影人黛安艾柏斯（Diane Arbus）。黛安以黑白膠片捕捉社會邊緣人物，就像亞當動畫裡刻畫出的角色，在人性的面孔下存在著空虛的心靈。眼尖的影迷會在動畫中發現，在一幕短暫揭序紐約市容時，導演特別製作了黛安艾柏斯的角色從窗外探出頭望著城市。

這是其中一個場景，亞當艾略特稱它做「一次性的奇蹟」（One-Off Wonder），這是一個僅只要用一次的場景。「可惜的是，如果我們加總這些場景在電影裡出現的秒數，只有差不多十到十五秒吧！電影中有很多像這樣只使用一次的場景，像是有河流、海洋，和叢林都僅在電影中出現了相當短暫的時間，但是卻花了相當大量的時間來製作，紐約中央公園便是其中的一個。」
   
「這是一個相當巨大的場景！它的尺寸相較一般的場景是大的不尋常。多數的場景尺寸都在大概3平方英尺（3坪大），這一個在背景上擁有城市天際線的公園在是相當為宏偉的。我們試圖在這個佈景中創作更多的層次與深度。」這就是在這個小小的工作室中，一直在持續堅難進行的事。
 
在這樣「精緻」的場景中，要接近這些玩偶其實是有一點困難的。兩個玩偶在場景深處的地方，攝影指導達倫伯吉斯必須要拉長身軀才有辦法接近。「它們是只在電影中出現一次的角色，所以它們的動作被設計的比較單純。角色的四肢會設計一點小小的動作，而且它們必須要擁抱對方，或在紐約的街道上相視。你看我試著要推動它的手臂，但是它在手臂這裡根本就沒有辦法活動。所以這將會是個很大的挑戰。」

攝影指導杰拉爾德湯普森說：「在紐約其實你根本看不到天上的星星，但是導演亞當因為一些個人的理由，想要在電影中看到星空。所以我想我們就隨著他的意吧，哈哈哈！」

亞當艾略特唯一做的不一樣事情，是把捕捉來的影像儲存在硬碟裡，而不是透過底片來保存。但是角色們仍然是用黏土製作而成，電影中出現的場景也是實際利用木材來製作的。當代動畫電影其實已經有透過數位科技來製作合成天空或是煙霧。但是亞當從一開始就不打算這麼麼做，而是要用和50年前一樣的「純手作」方式來拍攝這部片。
 
每個你在那個銀幕上所看見的東西都能夠被拿在手上。就連從一些角色所抽的香菸所冒出來的煙，都是工作人員們在另一個舞台所拍攝的金屬絲線，然後再把兩者結合在同一個場景。每個東西都是又實際形體的，每件物品都是觸摸得到的。攝影指導杰拉爾德湯普森提到：「目前黏土動畫所面對最主要的矛盾是：你到底能夠將它的質感製作的多麼的真實？意思是說，透過科技的協助，現在你可以達到將它製作的非常非常的精準地步。但是之前有些電影發生過利用科技過了頭，卻使電影損失了該有的特質。」

一切都從道具與場景的設計開始，它們都被製作成亞當艾略特所形容的「矮矮胖胖又歪歪斜斜」，所以看不到任何挺直的線條。你可以試著在這些場景中將你的攝影機調整成正常的水平，但是不論你如何努力，這些場景看起來都不會是端正的，因為沒有任何東西是被製作成端正的。動畫技術指導達倫伯吉斯說：「我真的很享受不需要移動佈景便能進行拍攝。這裡充滿了許許多多大型的攝影機，而且它們相當的難以在布景間移動。相反的，這些小型的攝影機們真的是棒透了。即使是以攝影指導的角度來說，他們能讓這些小型的攝影機進入到一個佈景之中，卻能夠不用移動佈景中的牆面或是這一類的東西。」

攝影技術過程中最獲杰拉爾喜愛的就是「即時分割功能（Live Split）」。在黏土動畫中不曾有人從攝影機中得到非常好的回饋。使用在錄製電視節目畫質已經夠糟了，然而使用在動畫上卻更是驚人的糟糕！因為動畫往往要在光源很低的層度使用較小的光圈來進行，影像都相當的灰暗，幾乎快要無法使用的。不過，現在透過靜態數位攝影機則有個非常大的好處就是它們的超高解析度。杰拉爾：「我們可以利用它來設定我們的燈光，也可以將我們的鏡頭設定於運動控制模式，這樣就可以在不論是燈光或是其他各方面都得到相當正確的影片。」
 
數位科技在某方面解救了這些黏土動畫的製作人員，就是他們可以同時看到正在進行的工作。每一個影像的清晰度都相當的乾淨、俐落；有的時候清晰的程度甚至是太過銳利，就像是透過顯微鏡來製作動畫一樣。你不用迫切等待那些沖洗底片的過程或是一些製作上耗損的時間；而是能夠在完成一個鏡頭拍攝之後的幾分鐘內便能觀看。這真的是個很好的優點，因為很多的動畫製作人不需要再等待三天的時間，才能知道他們所拍攝的鏡頭是不是可以被接受的。他們可以立即的確認鏡頭是否合格。如果鏡頭還需要改進，或是他們仍然有滿腔的熱誠，那麼他們可以再拍一次或是延遲到之後再來進行拍攝。這真的給了創作者很自由的空間。數位高階平面攝影機真的拯救了黏土動畫的製作。