鈴木財團的顧問鈴木次郎吉，終於完成了世界最大的飛行船「BELL TREE II世號」。這其實是他為了緝捕自認是競爭對手的怪盜基德，所安排的一場大規模計畫。他對怪盜基德下的戰帖是：「七天後，BELL TREE II世號將從東京出發到大阪，有本事就來把『天空的貴婦人』這顆大寶石給偷走吧。」

對於次郎吉的這項挑戰，基德也大膽地回覆：「等抵達大阪上空後就會偷走。」這場以天空為舞台的對決也受到了世人的矚目。同時次郎也招待了名偵探毛利小五郎、毛利蘭、柯南等少年偵探團的成員們搭乘這艘船。柯南等人究竟能否戰勝強大的怪盜基德，並將他繩之以法呢？

 正當柯南與基德在這個廣闊天空作為舞台的頭腦戰場上作一番較量時，神秘的武裝集團「紅暹羅貓」搶走了國立微生物研究所的恐怖細菌入侵船內，並挾持了飛行船。船上的人們也接連受到細菌感染。震撼全日本的這起劇場型劫機事件，讓關西地區一帶陷入恐慌！

歷經13年的考驗，名偵探柯南劇場版亮眼的成績單是有目共睹的，今年最新一集第14彈《天空的劫難船》，在日本自4月17日上映短短10天票房已累計日幣11億，現仍繼續熱映中。本集在劇情鋪陳、人物設計特別費心外，更加入了萬人迷「怪盜基德」，成為主要的吸金目標之一。

怪盜基德貌似工藤新一，小蘭甚至曾經錯認過，在第3彈《世紀末的魔術師》中，怪盜基德最後假扮工藤新一，騙過懷疑柯南的小蘭，由此可知，小蘭對怪盜基德的錯認其實是情有可原的。反之，工藤新一出現的次數越來越少，小蘭常常只能透過電話的聲音來表達她對他的思念以及關心。對柯南來說，能夠在小蘭身旁保護著她是他唯一能做的事；但對於小蘭來說，新一卻像是消失了一樣，小蘭只能故作堅強，在無盡的等待中期盼新一的身影。

劇場版的預告似乎揭示了另一種可能性，小蘭的寂寞遇上了怪盜基德的狡猾，兩人會擦出什麼樣的火花？或許小蘭受夠了等待，又或著是怪盜基德的捉弄讓小蘭也分不清楚真假，小蘭一步一步掉入這個陷阱，而柯南卻只能在旁邊乾瞪眼。

在三角戀情上演的同時，飛船上的傳染病卻一發不可收拾，柯南一方面要防止寶物被奪走，一方面還要擔心傳染病的擴散，更是沒有心力去面對三角戀情，而必須著手解決現實中的案子。但是在面對心愛的蘭，柯南會那麼輕易將她拱手讓人嗎？