原本是讓日本將軍的妻子、側室以及女官們居住的「大奧」，由於一場只有男性會感染的死亡疫情，導致國家中的男性大幅減少。而因為男性減少，將軍這個職位便由女性繼承，大奧也成為供女將軍的私人後宮。一種只會襲擊男性的怪異傳染病在江戶時代的日本蔓延開來，轉眼間男性人口迅速銳減至女性的四分之一，形成了一個男女地位逆轉的母權社會，而就在這樣的背景下，一個名為水野祐之進（二宮和也飾）的男孩，在某個貧窮的家庭中誕生了。

長大後的水野成為一名武士，為了振興家業他來到由三千美男服侍女將軍的後宮「大奧」，不久德川吉宗（柴崎幸飾）在歷經家族內的激烈鬥爭之後，繼任成為德川第八代女將軍，上任後大刀闊斧改革政治的吉宗堪稱為一位女中豪傑，而俊美的水野也憑著高明的劍術與聰明才智，逐漸獲得吉宗的賞識與喜愛，然而在宮廷的明爭暗鬥之中，水野的仕途是否真能一路順遂？

《大奧：女將軍與他的後宮三千美男》改編自〈西洋古董洋果子店〉漫畫作者吉永史顛覆傳統後宮鬥爭體制的歷史漫畫，曾榮獲手塚治虫文化賞漫畫大獎，異色題材充滿了爆炸性話題。本片由日本偶像劇大導金子文紀所執導，領軍超強人氣卡司組合，包括《多羅羅》票房女星柴崎幸、傑尼斯人氣偶像二宮和也、以及《交響情人夢》千秋王子玉木宏、新世代人氣偶像女星堀北真希與大銀幕搞笑天王阿部貞夫等，空前陣容與挑戰禁忌的爭議性，讓影片早在上映前就已先轟動。

在日本歷史中提到的「大奧」，裡面生活了無數的佳麗，將軍之外男性一概禁足，而一直以來以大奧為題材的文藝影視創作不勝枚舉，但最具顛覆性、也最讓感到不可思議的就屬著名漫畫家吉永史筆下的〈大奧〉。吉永史設定了一個男女逆轉的世界，讓將軍變成了女性，在大奧中爭寵的則是三千美男，漫畫一出就掀起一陣大奧炫風。

跳脫可愛又性感的形象，柴崎幸這次以不著華服、不濃妝豔抹的女將軍形象再度懾影迷，其中一場斥責測用人（女將軍旁隨侍）菊川伶的戲，讓人對平時溫柔可愛的柴崎幸刮目相看。飾演冷血高傲女將軍的柴崎表示：「這是我第一次出演時代劇，這部電影因男女逆轉而成為話題，雖然劇情講述的是女強男弱，但我想要告訴大家的是，我扮演的吉宗雖然是個強勢將軍，但她的內心還是個很有感情的女人，我也是懷著這份女人的情感去詮釋了這個角色。」

因演出《交響情人夢》中的千秋王子而聲名大噪的日本型男演員玉木宏，則在片中首度突破形象演出女將軍的後宮美男，不但眼神媚惑勾男又勾女，更與演員佐佐木藏之介演出男男接吻，讓許多影迷感到臉紅心跳。玉木宏在片中飾演大奧後宮三千美男之首，他表示開鏡的第一天就比須男演員佐佐木藏之介有肢體親熱戲，戲中由佐佐木主動，兩人身貼身，感受到對方的呼吸與鬚根的觸感。玉木宏笑言說：「與女演員拍親嘴戲的時候，多少都會因為怕尷尬而不敢即時抺掉嘴邊的口水，但相反與男人拍嘴戲就不用想太多，感覺輕鬆得多，而且我甚至好像迷上與佐佐木接吻的感覺了。」