西元2034年，自從草薙離開公安九課後已經過了兩年，德古沙現在是隊伍的新領導者，隊伍也陸續加入了許多生力軍。擴編後的公安九課，遭遇了前所未有的連環犯罪事件，他們發現在這一連串的事件背後，似乎有著一名被稱為傀儡師的強大駭客在操縱著一切。在追查線索到一半時，巴特遇見了草薙的替身，草薙留下了一句「不要管Solid State Society的事情」後就離開了。這讓巴特不自覺地心想：「難道草薙就是傀儡師？」

 

一連串接連發生的事件讓整個公安九課都陷入了混亂，到底傀儡師是誰？事實的真相到底是什麼？這一系列完美的犯罪到底是誰在幕後指使？Solid State Society的秘密到底是什麼？孩童綁架、記憶操作、人口爆炸的高齡化社會、網路犯罪、連環自殺、生化恐怖攻擊，四年前所構築的未來社會似乎已經越來越趨向現實。而這次，在台首度上映的全新3D化《攻殼機動隊S.A.C. 3D》將會巔覆你的視覺想像！