賽德克，一個位於台灣山區、信仰彩虹的民族，他們居住在山嵐繚繞的世外桃源，過著生態平衡的生活。族裡馬赫坡社出了一位英雄人物，馬赫坡社頭目之子莫那魯道，首度出草獵回異族人頭而聲名大噪，自此各部落間無人不曉這個名字。但好景不長，日治時代的來臨，賽德克族被迫改變原本生活，多數族裡男人搬木服勞役，而女人淪為幫傭。眼看祖先辛苦建立的家園和獵場在日方統治下逐漸消失，感到痛心的莫那魯道，內心深信祖靈訓示，唯有在自己的獵場通過重重試煉，在臉上紋上驕傲的印記，成為真正的賽德克人，在死後才能走上讓祖靈認同的彩虹橋。

1930年，馬赫坡社新來的日警因誤會和族人起衝突，自此馬赫坡社便活在恐遭日警報復的陰霾裡。賽德克年輕人群聚要求戰鬥總頭目莫那魯道帶領他們反擊日本人，莫那清楚知道這是場必輸的戰役，更將賭上滅族危機，但他明白唯有挺身為民族尊嚴反擊，才能成為真正驕傲的賽德克人，於是率領族內年輕人血祭祖靈，準備奪回屬於他們的獵場。短時間內各部落紛紛起義，所有族人集合前往霧社公學校的運動會，三百個頭綁白布起義的族人，發起為民族尊嚴而戰的公學校大戰。

突如其來的猛烈攻擊讓日本政府震怒，派遣陸軍少將鎌田彌彥帶領幾千名的軍警聯合前往霧社討伐。而一向對賽德克族友好的小島源治巡查，悲痛得知妻兒遭到屠殺的噩耗，憤怒掩蓋了理智，逼迫莫那魯道的世仇鐵木瓦力斯出兵，協助日軍進行完全不擅長的山區游擊戰。太陽帝國的憤怒反攻，挾著賽德克族莫那魯道與鐵木瓦力斯之間的新仇舊恨，一場驚心動魄、以信仰之名的戰役，即將在櫻花盛開的漫紅山林裡一觸即發。

花岡一郎與花岡二郎這兩個角色在片中可說是最掙扎的兩個角色，身上留的是賽德克的血，卻從小受日本教育，融入日式社會，因此在莫那魯道決定率領族人抗暴時，陷入天人交戰。魏德聖導演當初因為這兩人的戲包藏著相當深厚的情緒，需要有一定表演底子的演員才能夠成功詮釋，於是將這兩個重要的角色，交給兩位科班出身、並且有多年演出經驗的原住民演員：徐詣帆（花岡一郎）與蘇達（花岡二郎）。

飾演花岡一郎的徐詣帆，剛剛才以馬志翔所執導的「飄搖的竹林」一劇入圍金鐘獎迷你劇集最佳男配角獎。徐詣帆為文化大學音樂系畢業，主修聲樂，因此大二就開始接演音樂劇如「宅男的異想世界」、「雙城戀曲」、「渭水春風」等，唱作俱佳。而也是因為這些音樂劇的演出，與他在《賽德克‧巴萊》裡的「老婆」羅美玲早就熟識。

羅美玲在「雙城戀曲」裡飾演他的孫女，在「渭水春風」裡飾演他的女兒。當他得知《賽德克‧巴萊》中又要跟美玲合作時，他第一個反應就是大叫：「怎麼又是她啊。」但反正兩人老交情，美玲也以大笑回應。不過剛提名金鐘獎的徐詣帆表示，他因為《賽德克巴萊》的原因才結識馬志翔，因此他想跟馬志翔說：「謝謝馬導演給我演出機會。」並且跟魏導演說：「導演我愛你，你是我的偶像。」

而飾演花岡二郎的演員蘇達就是一個完全相反的情況，因為他在片中的老婆是大明星徐若瑄，雖然最後沒有飾演大英雄莫那魯道，然而當導演宣布飾演花岡二郎的老婆將會是徐若瑄時，蘇達表示他當時很想大叫：「太好了，這樣就夠了。」而徐若瑄在片場也常甜膩膩的叫他「老公」，讓他拍戲時也覺得人生夫復何求。不過飾演二郎的蘇達也有十年的舞台劇經驗，之前在「雙城戀曲」裡也與徐詣帆及羅美玲有合作，只是當時飾演徐詣帆的兒子，在《賽德克‧巴萊》裡則是情同手足的好朋友。

花岡一郎與二郎兩人是貫穿《賽德克‧巴萊》上下集的重要角色，上集是出草的掙扎，在下集中，花岡一郎、花岡二郎、以及一郎妻子川野花子（羅美玲飾）三人的訣別戲，堪稱下集的第一波高潮。許多看過下集的觀眾朋友，看完都紛紛表示三人演出感人程度爆表。事實上，徐詣帆與蘇達都收到了片中遺族後代的訊息。在清流部落放映後，徐詣帆的父親收到住在南投的賽德克族朋友來電，表示對詣帆的表演相當感動。而蘇達則收到了花岡二郎孫子的來信，對於他的表演感動落淚，而蘇達在收到信後也忍不住大哭。

《賽德克‧巴萊》裡一字排開的猛男帥哥裡，仔細一看竟然有一位十三歲的青少年，那就是在片中飾演抗暴少年隊領袖的巴萬。飾演巴萬的男孩名叫林源傑，巴萬在片中身手矯健，身手其來有自，林源傑在現實生活中本來就是角力高手，而他的柔道老師也就是片中飾演比荷瓦力斯的曾伯朗。源傑之所以會來參加演出，也是因為透過曾老師的介紹。《賽德克‧巴萊》裡的巴萬，在上集是個想要急著長大成為戰士的小孩，在片尾他終於踏上了戰場，並且馬上領會到戰場上的無情。而在下集他則有更驚人的演出，觀眾可以看見戰爭給予他的蛻變與成長，而他也會在片中展現矯健的身手，宛若小藍波般英勇捍衛自己的文化，並且成為日軍口中「如鬼魅一般迅速移動的孩子」。

現實生活中的巴萬林源傑，在兩年多前剛開始演員訓練時，只是國一要升國二的小男孩。如今電影上映了，他也升上了高一，身材樣貌也從孩子樣變成了一個青澀的大男孩。除了巴萬這個角色以外，下集許多角色都將有更完整的發展。如馬志翔所飾演的鐵木瓦力斯，以及日本演員安藤政信所飾演的小島源治，這兩個角色在上集雖然著墨不深，但是兩人在下集都有相當重要的戲份，內心與外在的衝突戲，相當動人，而馬志翔與安藤政信為了這部片都下了相當大的苦心。

在下集中，馬志翔有相當吃重的打鬥戲，一路從山上打到水中，除了體力上負荷相當大，同時還要表現出角色情緒，其實相當困難。而安藤政信在下集則使用了大量賽德克語演出，為了背好這些詞句，他認真的態度連族語指導郭明正老師都大為吃驚。而安藤政信也透過經紀公司越洋表示，「對於能夠參與這樣與台灣歷史息息相關的電影感到相當榮幸，不過聽說上集戲份比較少，那就請大家快去看下集吧。」